緩慢移動原則：為了避免影響正常的風路狀態，柜內操作時手應該盡量平緩移動。
物品平行擺放原則：為了避免物品和物品之間的交叉污染現象產生，在柜內擺放的物品應該盡量呈橫向一字擺開，避免回風過程中造成交叉污染。同時避免堵塞背部回風隔柵影響正常風路。
避免震動原則：柜內盡量避免震動儀器（例如離心機、旋渦振蕩器等）的使用，因為震動會使得積留在濾膜上的顆粒物質抖落，導致操作室內部潔凈度降低，同時如果在前操作面平衡失敗還會引起安全柜對操作者的污染。
不同樣品柜內移動原則：生物安全柜內兩種及以上物品需要移動時，一定遵循低污染性物品向高污染性物品移動原則，避免污染性高的物品在移動過程中產生對柜體內部的大面積污染。
明火使用原則：柜內盡量不要使用明火。因為在明火使用過程中產生的細小顆粒雜質將被帶入濾膜區域，這些高溫雜質會損傷濾膜。無法避免一定需要使用的時候，宜使用低火苗的本生燈。
通過生物安全柜在用市場所出現的問題，可以引申到整個在用醫療器械行業。在醫療器械全程監管過程中，使用環節是檢驗醫療器械安全有效性的關鍵環節。經過系統技術評價認定為安全有效的醫療器械，只有在使用環節才能得到實踐驗證。醫院使用醫療器械從事診療、護理活動，若不符合國家規定的醫用產品質量標準，使用后會對患者造成健康損害。醫院作為醫療器械的重點使用單位，更加應該增強在用醫療器械的質量安全意識，加強對使用人員的培訓，加大在用醫療器械的使用維護力度，避免使用過程中出現的諸多問題。
